Начальник Поуп и капитан Беллик начинают поиски беглецов. Майкл и Ко. бегут к самолету. Полиция наступает им на пятки. Вероника находит главное доказательство невиновности Линкольна. Вице-президент обеспокоена потерей авторитета.
На этом первый сезон заканчиваться и следом за ним начинаться второй сезон.

Почти все из команды беглецов перелезают по проводу через стену. Ник отпускает Веронику. Агент Келлерман помогает вице-президенту успокоиться перед выборами.

Беллик узнает о дыре в комнате охранников. Уэстморленд хочет, чтобы побег произошел как можно быстрее. Майкл рассказывает Саре о побеге. Изгоя проверяют на преданность. Вероника узнает, что у Ника Сэврин связан с заключенным, отбывающим срок в Фокс Ривер.

Майкл должен получить ключ от лазарета и просит помощи у старой знакомой. Линкольн узнает чем на самом деле занимался его отец. "Изгой" узнает о побеге.

После неудачной попытки Майкла воссоздать пропавшую часть схемы, его помещают в психушку. Там он ищет помощь от своего бывшего сокамерника, психа Патошика. Ти-Бэг и Си-Ноут объединяются. Келлермана отстраняют от дела Бэрроуза. Сукрэ, его кузен и Линкольн придумывают как вытащить Майкла из психушки.

Начальник Поуп помещает Майкла в одиночку после того, как он отказался отвечать на вопрос об ожоге. Линкольн обеспокоен психическим состоянием Майкла, который не может вспомнить часть схемы тюрьмы. Сукрэ скрывает дыру в комнате охранников.

Серия флешбеков рассказывает нам как попали в тюрьму Линкольн, Сукрэ, Ти-Бэг и Си-Ноут, как Майкл придумал план побега и как попала на работу в Фокс Ривер доктор Сара Танкреди.

Перед самой казнью, сидя на электрическом стуле, Линкольн замечает в комнате наблюдателей своего отца. Благодаря телефонному звонку судьи Кесслера, казнь была отложена. После пересмотра новых улик судья требует эксгумацию тела Стэдмена. Майкл придумывает новый, еще более опасный, план побега, включающий проход через тюремный двор. Несчастный случай ставит план побега под угрозу.

Майкл и другие заключенные возвращаются в камеры. Вероника и Ник просят судью отложить казнь Бэрроуза. Сара просит ее папу, губернатора, пересмотреть дело Линкольна. Майкл пытается отложить казнь брата, повредив предохранитель.

Истекающего кровью Абруци увозят в больницу. Вероника выходит из тени, чтобы выйти на контакт с союзником. Келлерман убивает своего напарника, чтобы сохранить заговор. Майкл находит способ вывести Линкольна из карцера. Команда ТР остается в комнате отдыха до вечера для того, чтобы подготовить побег.